MySQL是什么东西?

1. 免费的且广泛使用的开源数据库软件

2. 广泛应用于基于网络的应用

3. 数据被存储在数据库(data.table)中,数据库中存在着很多的表(table),表包含列(column)和行(row),列也叫做字段(fields),行也叫做记录(record),列一般都是作为变量名的,例如姓名,性别,id等.

需要的R语言包

library("RMySQL")

## Loading required package: DBI

本文连接的数据库

一个具体的面向网页的MySQL数据库.这里告诉我们 连接它数据库的方式为：

mysql --user=genome --host=genome-mysql.soe.ucsc.edu -A

开始使用 R语言进行连接

ucscdb <- dbConnect(MySQL(),user="genome",host="genome-mysql.soe.ucsc.edu")result <- dbGetQuery(ucscdb,"SHOW DATABASES;")

## [1] TRUE

这里,给出一些具体说明：

1. MySQL( )代表的是dbConnect函数连接的数据库类型,可以是oracle,mysql等

2. user 是用户名,host 是数据库的网络位置,如果是本地的,需要的参数是 password

3. dbGetQuery是数据库查询命令,"SHOW DATABASES;"是数据库查询命令,遵循的是Mysql语法和R 语言没有关系.

4. 查询结束之后注意断开连接,会返回一个 TRUE 值

5. result 里包含了这个host下所有的数据库 database

下面我们进入某一个数据库

hg19 <- dbConnect(MySQL(),user="genome",host="genome-mysql.soe.ucsc.edu",db="hg19")all_tables <- dbListTables(hg19)

## [1] 11048

运行结束之后,我们知道hg19这个数据库里有11048张表.

获取表的信息

我想知道某一个表有多少列?

dbListFields(hg19,"acemblyPep")

## [1] "name" "seq"

然后,我又想把知道这个表有多少行?

dbGetQuery(hg19,"select count(*) from acemblyPep")

## count(*)

我想能不能看看这个表具体长啥样?

table <- dbReadTable(hg19,"acemblyPep")

## name

记得查询完之后

dbDisconnect(hg19)

## [1] TRUE