NONCODE数据库使用指南｜一款好用的lncRNA数据库

ncRNA的研究以星火燎原之势席卷科研界,尤其是lncRNA的发现,更是受到广大学者们的热捧.尽管lncRNA的研究很火,但其仍然处于初步的探索和基础研究阶段.目前,无论是在国内还是国外都没有统一的命名规则,这也给各位研究者带来了很大的懊恼.

当各位老师拿到lncRNA数据的时,心中酸楚不问可知.

一款实用的lncRNA数据库(NONCODE Database)帮您办理大部分问题,走起!!!

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数据库基本介绍

NONCODE DB是一款综合性的数据库,该数据库是一个比拟全面的ncRNA相关注释的数据库,尤其是lncRNA信息,不仅支持常用lncRNA的name、NONCODE ID(例如：NONHSAG000001)搜索,部分lncRNA支持其他数据库名字进行搜索.

该数据库目前收入了16个物种,主要是动物方面的,包含人、小鼠、大鼠、奶牛、鸡、果蝇、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、黑猩猩、大猩猩、恒河猴、复鼠、鸭嘴兽、猩猩.

数据库包括信息丰富,包括表达、功能、与疾病关系、染色体位置、序列保守性等,并可进行序列Blast搜索,同时支持数据下载.目前最新更新为2017年4月6日更新的版本.

数据库链接为：http://www.noncode.org

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数据库的使用

以下是数据库的页面展示

从页面模块可以看出,基于这个数据库我们可以浏览所涉及物种的全部lncRNA信息,搜索感兴趣的lncRNA,功能查看,比对,下载等.

1)已知某lncRNA 的序列信息,想知道该lncRNA基因组上位置信息,功能如何?

只必要将序列信息粘贴到blast模块,(参数默认)搜索结果如下：

(图一是参考文献及该lncRNA的NONCODE等信息,图二是具体的比对成果)

选择得分最高的第一个比对结果,将相似性比拟高的转录本ID NONHSAT002796.2在search中搜索可以获得如下信息：

基本信息如下：

序列信息

表达谱信息：

数据来源等：

2)对于刚刚搜索的比拟感兴趣的lncRNA进行功能的注释如下：

只需将lncRNA 的基因ID 输入到Function模块即可.

3)lncRNA的保守性阐发：

在concervation模块中输入基因ID即可得到保守性阐发树,如下所示：

除了以上分析,还可以将整个物种的lncRNA的数据下载下来；若是您在NCBI上找到了一个很感兴趣的lncRNA,却苦于信息有限,此时您也可以在本数据库中尝试搜索,好比：NEAT1,您会获得该lncRNA的炒鸡全的信息呢,有木有觉得这个数据库很牛?其他内容,感兴趣的童鞋们可以自行研究下.

还更多有关lncRNA数据库使用指南,敬请等待下期哦~~~